Visando um aprimoramento das atividades curriculares, são elaborados projetos pedagógicos transversais – diferenciais de qualidade do ensino no Colégio Santa Cruz, podendo ser anuais ou bienais, quais sejam:

• Semana Cultural e Esportiva: Momento de interação entre turmas, visando trabalhar valores como respeito ao outro e às próprias habilidades, buscando a solidariedade, bem-estar e crescimento em grupo (coletividade).
• Projeto Cultural/Dança: A exemplo de apresentações no Teatro Calil Haddad ou Festa Junina, esse projeto possibilita aprender pelas experiências do próprio corpo, a compreender o ponto de vista do próximo, a desenvolver habilidades e a expressar sua criatividade, mostrando-se também numa situação de enfrentamento e encorajamento para novos desafios.
• Viagens Pedagógicas: As viagens são planejadas a fim de criar espaços de aprendizagem, uma maneira agradável de aliar conhecimento teórico ao prático, vivenciando experiências relacionadas ao conteúdo desenvolvido em sala de aula.
• Projeto História e Cultura afro-brasileira, africana e indígena: Projeto que, por meio de mostras, produção de objetos, filmes e literaturas busca promover um resgate as nossas origens, sensibilizando a comunidade escolar da influência e da importância que a cultura africana e indígena teve ao longo dos tempos em diversos setores de nossa sociedade. Neste projeto resgataremos as contribuições dadas por esses povos a nossa língua, culinária, costumes…que formaram, assim, a identidade do nosso país.
• Projeto Valores: Acontece durante todo o ano, por meio de palestras, rodas de conversa e outras maneiras de intervenção. Visa a apropriação de conceitos sobre as virtudes. Trabalha o desenvolvimento da autonomia e cidadania. São estudados temas como: regras de convivência, respeito, bullying, amizade, reponsabilidade, solidariedade, simpatia, empatia etc).
• Escola sem Violência: Intervir em relação aos casos de violência e bullying do Colégio Santa Cruz por meio de intervenções frequentes, sistematizadas e interligadas com o desenvolvimento de valores e habilidades sociais dos alunos da Educação Infantil ao Ensino Médio.
• Semana da Criança: Momento de interação social, com atividades lúdicas e festivas em comemoração ao Dia da Criança.
• Noite do Pijama: Projeto realizado com alunos dos 1ºs Anos, buscando novas experiências, promovendo a socialização, fortalecimento dos vínculos afetivos e desenvolvimento da autonomia.
• Confraternização 5ºs Anos: Em parceria com a Pastoral, é um momento de oração em agradecimento pelas conquistas e pelo final de uma etapa acadêmica. Marcado também pela socialização entre as turmas e reconhecimento do próprio crescimento (vários aspectos). Uma festa divertida, regada à alegria e prontidão para os próximos desafios.
• Feira das Ciências/ Mostra Científico-Cultural:  Trabalho realizado coletivamente e com aspecto interdisciplinar. Visa despertar o desenvolvimento de novas ideias e iniciativas, estimulando a produção de conhecimento científico, articulando tecnologia e sustentabilidade.